حجت الاسلام حسن روحانی، معصومه ابتکار را به عنوان معاون رییس جمهور و رییس سازمان حفاظت محیط زیست منصوب کرد. از زمان مستقر شدن دولت یازدهم، پیش بینی های مختلفی برای گزینه سازمان حفاظت محیط زیست وجود داشت. اما بالاخره رییس جمهور، معصومه ابتکار، رییس سازمان محیط زیست در دو دولت سید محمد خاتمی را به عنوان رییس سازمان حفاظت محیط زیست در دولت یازدهم منصوب کرد.
كه به هيات دولت راه يافت و در سال هاي ۱۳۷۶ تا ۱۳۸۴ در سمت معاون رييس جمهور و
رييس سازمان حفاظت محيط زيست انجام وظيفه كرد.
فعاليت علمي، تحقيقاتي و دانشگاهي دكتر ابتكار در
زمينه هاي ايمونولوژي (تنظيم سيستم ايمني، سيستم ايمني اعصاب و روان، شبكه
سايتوكاين ها)، محيط زيست (اثرآلاينده هاي محيط زيست بر سيستم ايمني، توسعه پايدار،
محيط زيست و جامعه مدني و مديريت محيط زيست) و زنان (زن و توسعه پايدار، مسايل
حقوقي و اجتماعي زنان، چشم انداز بين المللي توسعه زنان، حقوق زن در اسلام و سازمان
هاي غيردولتي و زنان) است.
عضويت در تشكل ها و انجمن هايي مانند هيات امناي
انجمن آسم و آلرژي، انجمن ايمونولوژي و آلرژي، آكادمي علوم زنان براي جهان سوم،
هيات موسس و امناي موسسه مطالعات و تحقيقات زنان، هيات امناي موسسه گفت و گوي تمدن
ها، بنياد باران و هيات امناي بنياد زينب كبري، از جمله فعاليت ها يا سوابق وي به
شمار مي رود.
ابتكار در سال ۱۳۸۴ به دليل تلاش‌هايش در سازمان
حفاظت از محيط زيست ايران و نقشي كه براي بهبود همكاري هاي منطقه اي و جهاني داشت
به عنوان يكي از هفت «قهرمان زمين» سال ۲۰۰۶ سازمان ملل متحد انتخاب شد. مـركز صلح و محيط زيست به عنوان يك سـازمان
غيردولتي در سال ۱۳۸۴ به پيشنهاد و تلاش وي به منظور ايجاد زمينه تبادل نظر و گفت و
گو پيرامــون مسايـل محيـط زيست در سطـوح ملـي، منطقـه اي و بيـن المللي و
بـرقـراري ارتبـاط با علاقمنــدان و متخصـصان محيط زيست تاسيس شد كه وي رياست هيات
مديره آن را همچنان بر عهده دارد.
وي در سال ۱۳۸۵ از سوي مردم تهران به عنوان عضو
سومين دوره شوراي اسلامي شهر برگزيده شد. وي دراين دوره براي نخستين بار كميته محيط
زيست در اين شورا را بيش از ۲۰ كارگروه تخصصي به راه انداخت و مسئوليت اين كميته را
بر عهده گرفت.
در زمينه تاليفات و انتشارات، روايت ابتكار از
وقايع درون سفارت تسخير شده آمريكا در تهران تنها كتابي است كه از اين ماجرا توسط
طرف ايراني به زبان انگليسي نگارش يافته و توسط انتشارات تالون بوكز در كانادا با
عنوان Takeover in Tehran منتشر شده است. اين كتاب به زبان هاي فارسي و عربي نيز
ترجمه و به ترتيب با اسامي «تسخير» و «صراع في طهران» در تهران و بيروت به چاپ
رسيده است.
كتاب «خوشه هاي شهريور» دومين كتاب وي، حاوي
وقايع و اتفاقات كشور در سال هاي ۱۳۷۶ تا ۱۳۸۴ بود كه به ويژه به روندهاي زيست
محيطي و سياسي آن دوران اشاره دارد و در سال ۱۳۸۸ منتشر شد.
كتاب «صلح و اخلاقيات طبيعي» به زبان انگليسي و
با عنوانNatural Peace & Ethics نيز مجموعه مقالات و سخنراني هاي وي در مورد
محيط زيست و صلح است كه در سال ۱۳۸۴ منتشر شد.
فعالان محیط زیست دوره حضور ابتکار در سازمان محیط زیست بین سال‌های ۷۶ تا ۸۴ را بهترین دوران مدیریت محیط زیست ایران پس از انفلاب اسلامی می دانند.