عدم آمادگی کافی نظام سلامت، تأخیر در قرنطینه و فاصله‌گذاری اجتماعی، آماده نبودن دستورالعمل‌های بهداشتی، کمبود وسایل حفاظت فردی و مواد گندزدا و ضدعفونی‌کننده، تأخیر در آغاز فعالیت‌های تحقیقاتی لازم، گندزدایی غیرضروری معابر، ناشناخته بودن مکانیزم‌های انتقال، ضعف تهویه بیمارستان‌ها، کم‌توجهی به کاهش تماس، موازی‌کاری در تدوین دستورالعمل‌های بهداشتی، مدیریت نامناسب اجساد و فعالیت سامانه حمل‌ونقل عمومی از جمله چالش‌های مهم بهداشت محیطی دوره همه‌گیری کووید- ۱۹ در ایران بودند.