سال‌ها از ورود فاضلاب‌های صنعتی و خانگی، سموم کشاورزی، پسماندها و رشد گیاهان مهاجم به تالاب انزلی می‌گذرد. تصرف اراضی و ساخت‌وساز در حریم تالاب و آتش زدن نیزارها برای تصرف و انتقال آلودگی از دریا و کاهش میزان آب موجود، حیات تالاب و زیست‌بوم پرندگان را به خطر انداخته است. با وجود همه این مشکلات، هنوز این تالاب متولی مشخص و معینی ندارد تا معضلات را با مدیریتی واحد برطرف کند و بدتر از آن، برخی دستگاه‌ها بودجه ۱۴ میلیاردی تالاب را در سال‌های گذشته به خزانه برگشت داده‌اند. این گزارش، معضلات تالاب انزلی و مشکلات پیش رو برای برطرف کردن نقاط ضعف تالاب را بررسی می‌کند.