سال‌هاست که آلودگی‌هایی با منشأ فاضلاب به‌عنوان یکی از مهمترین تهدیدات تالاب انزلی مطرح است؛ از این رو ضرورت دارد علاوه بر لایروبی در قسمت بالادست رودخانه‌ها، رفع آلودگی‌های زیست‌محیطی و تأمین اعتبارات لازم هر چه زودتر این تالاب را از مشکلات موجود نجات دهیم.